3ds Maxの作業にて、同じ1mで作成したモデルでも、システム単位スケールを統一しておかないと、ファイルをマージした際に違う大きさへ変換されてしまいます。

これは、マージの際に「システム単位設定」の「ファイル内のシステム単位を重視」のチェックが入っている事によって起こります。

「ファイル内のシステム単位を重視」のチェックを外しておけば、システム単位の1単位の値がバラバラでも、基本的に同じスケールのものとして読み込むことが可能です。

詳細は大塚商会のサイトにて解説されています。
[VIZ/max] 異なるシステム単位で作成したシーンの合成について
https://faq.mypage.otsuka-shokai.co.jp/app/answers/detail_view/a_cd/8FCB76A015